Институт проводит фундаментальные, поисковые и прикладные научные исследования, направленные на получение новых знаний в области зоологии и других биологических наук с последующим их применением в интересах общества.
Институт осуществляет основные виды деятельности в следующих направлениях:
- систематика, фаунистика, биогеография, эволюционная морфология и филогения животных;
- экология и поведение животных;
- биологические основы паразитизма;
- научные основы биометода, биотехнология;
- закономерности биологического круговорота веществ в природе;
- структура, функционирование и продуктивность водных экосистем;
- пропаганда зоологических знаний и охрана окружающей среды;
- рациональное использование животного мира и генетических ресурсов.