Зоологический музей представляет собой выставочный отдел Зоологического института РАН, в состав которого, помимо Музея входят следующие лаборатории и подразделения:
- Лаборатория териологии, герпетологии и орнитологии.
- Лаборатория ихтиологии.
- Лаборатория морских исследований.
- Лаборатория пресноводной и экспериментальной гидробиологии.
- Лаборатория солоноватоводной биологии.
- Лаборатория систематики насекомых.
- Лаборатория паразитологии.
- Лаборатория эволюционной морфологии.
- Лаборатория протозоологии.
- Лаборатория по изучению паразитических червей.
- Лаборатория экспериментальной энтомологии и теоретических основ биометода.
- Лаборатория биосистематических основ интродукции полезных организмов.
- Информационно-издательский отдел.
- Биологическая станция ЗИН на Куршской косе Балтийского моря.
- Биологическая станция ЗИН им. О. А. Скарлато на мысе Картеш в Белом море.
- Научная Библиотека.