Филогения беспозвоночных в свете молекулярных данных: перспективы завершения филогенетики как науки

Абрамсон Н.И. 2009. Молекулярные маркеры, филогеография и поиск критерия разграничения видов. В кн.: А.Ф. Алимов и С.Д. Степаньянц (Ред.). Вид и видообразование. Анализ новых взглядов и тенденций. Труды Зоологического института РАН, 313 (Приложение 1). Зоологический институт РАН, Товарищество научных изданий КМК, Санкт-Петербург: 185–198.

Алёшин В.В. и Петров Н.Б. 2002. Молекулярные свидетельства регресса в эволюции многоклеточных животных. Журнал общей биологии, 63(3): 195–208.

Алёшин В.В., Мыльников А.П. и Петров Н.Б. 2005. Дерево корненожек. Природа, 8: 40–46, 9: 65–72.

Алёшин В.В., Константинова А.В., Михайлов К.В., Никитин М.А. и Петров Н.Б. 2007. Нужно ли много генов для филогенетического дерева? Биохимия, 72(12): 1610–1623.

Антонов А.С. 1974. Геносистематика: достижения, проблемы и перспективы. Успехи современной биологии, 77(2): 31–47.

Белозерский А.Н., Антонов А.С. и Медников Б.М. 1972. Введение. В кн.: А.Н. Белозерский и А.С. Антонов (Ред.). Строение ДНК и положение организмов в системе. Издательство Московского университета, Москва: 3–16.

Беклемишев В.Н. 1994. Методология систематики. KMK Scientific Press Ltd., Москва, 250 с.

Беклемишев К.В. 1974. О возможных и осуществленных направлениях эволюции беспозвоночных. Журнал общей биологии, 35(2): 209–222.

Догель В.А. 1981. Зоология беспозвоночных. 7-е изд., перераб. Ю.И. Полянский (Ред.). Высшая школа, Москва, 606 с.

Журавлев А.Ю. 1995. Мир, которого не может быть. Природа, 12: 21–28.

Заварзина Е.Г. и Цетлин А.Б. 1990. Строение полости тела некоторых аннелид. Предварительные результаты. Зоологический журнал, 69(1): 31–34.

Заренков Н.А. 1976. Лекции по теории систематики. Издательство Московского университета, Москва, 140 с.

Захваткин А.А. 1949. Сравнительная эмбриология низших беспозвоночных (Источники и пути формирования индивидуального развития многоклеточных). Советская наука, Москва, 395 с.

Захваткин А.Ю. 2008. Преемственность поколений и их интеграция. Журнал общей биологии, 69(4): 243–263.

Иванов А.В. 1968. Происхождение многоклеточных животных. Филогенетические очерки. Наука, Ленинград, 287 с.

Иванов Д.Л. 1996. Типология как метод описания таксономического разнообразия (Декларация типологии). Труды Зоологического музея МГУ, 34: 155–164.

Иванова-Казас О.М. 2007. Эмбриологическая характеристика и происхождение Pogonophora. В кн.: Эволюционная морфология животных. К столетию со дня рождения акад. А.В. Иванова. Труды Санкт-Петербургского общества естествоиспытателей. Серия 1, 3. Издательство Санкт-Петербургского университета, Санкт-Петербург: 141–157.

Карпов С.А. 1980. Изменчивость Monosiga ovata (Choanoflagellida, Monosigidae) в культуре. Зоологический журнал, 59(2): 295–299.

Кимура М. 1985. Молекулярная эволюция: теория нейтральности. Мир, Москва, 394 с.

Клюге Н.Ю. 2000. Современная систематика насекомых. Принципы систематики живых организмов и общая система насекомых с классификацией первичнобескрылых и древнекрылых. Лань, Санкт-Петербург, 333 с.

Ливанов Н.А. 1955. Пути эволюции животного мира. Анализ организации главнейших типов многоклеточных животных. Советская наука, Москва, 400 с.

Лукашов В.В. 2009. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ. БИНОМ. Лаборатория знаний, Москва, 256 с.

Лухтанов В.А. и Кузнецова В.Г. 2009. Молекулярно-генетические и цитогенетические подходы к проблемам видовой диагностики, систематики и филогенетики. Журнал общей биологии, 70(5): 415–433.

Малахов В.В. 2009. Революция в зоологии: новая система билатерий. Природа, 3: 40–54.

Ней М. и Кумар С. 2004. Молекулярная эволюция и филогенетика. КВIЦ, Киев, 418 с.

Павлинов И.Я. 2004. Замечания о соотношении таксона и признака в систематике (по поводу статьи А.А. Стекольникова «Проблема истины...». Журн. общ. биологии. 2003. Т. 64. № 4. С. 357–368). Журнал общей биологии, 65(2): 187–192.

Павлинов И.Я. 2005. Введение в современную филогенетику (кладогенетический аспект). Товарищество научных изданий КМК, Москва, 391 с.

Павлинов И.Я. 2011. Концепции рациональной систематики в биологии. Журнал общей биологии, 72(1): 3–26.

Пономаренко А.Г. и Расницын А.П. 1971. О фенетической и филогенетической системах. Зоологический журнал, 50(1): 5–14.

Серавин Л.Н. 1993. Основные типы и формы тонкого строения крист митохондрий, степень их эволюционной стабильности (способность к морфологическим трансформациям). Цитология, 35(1): 3–34.

Серавин Л.Н. и Гудков А.В. 2005. Амебоидные свойства клеток в процессе раннего морфогенеза и природа возможного протозойного предка Metazoa. Журнал общей биологии, 66(3): 212–223.

Спенсер Г. 1870. Основания биологии. В кн.: Сочинения. А. Герд (Ред. пер. с анг.). Поляков, Санкт-Петербург, 1: 370 с., 2: 440 с.

Федотов Д.М. 1966. Эволюция и филогения беспозвоночных животных. Наука, Москва, 404 с.

Чупов В.С. 2001. Анализ отражения эволюционного процесса в системе современных организмов. Успехи современной биологии, 121(3): 241–251.

Чупов В.С. 2002. Форма боковой филогенетической ветви у растений по данным неонтолого-таксономической летописи эволюции. Успехи современной биологии, 122(3): 227–238.

Шаталкин А.И. 1988. Биологическая систематика. Издательство Московского университета, Москва, 184 с.

Шаталкин А.И. 2005. Молекулярные филогении – революционный прорыв в систематике. В кн.: Эволюционные факторы формирования разнообразия животного мира. Товарищество научных изданий КМК, Москва: 30–43.

Шнеер В.С. 2009. ДНК-штрихкодирование видов животных и растений – способ их молекулярной идентификации и изучения биоразнообразия. Журнал общей биологии, 70(4): 296–309.

Aguinaldo A.M., Turbeville J.M., Linford L.S., Rivera M.C., Garey J.R., Raff R.A. and Lake J.A. 1997. Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals. Nature, 387(6632): 489–493. https://doi.org/10.1038/387489a0

Anderson F.E. and Swofford D.L. 2004. Should we be worried about long-branch attraction in real data sets? Investigations using metazoan 18S rDNA. Molecular Phylogenetics and Evolution, 33(2): 440–451. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2004.06.015

Baldauf S.L. 2003. The deep roots of eukaryotes. Science, 300(5626): 1703–1706. https://doi.org/10.1126/science.1085544

Baldauf S.L. and Palmer J.D. 1993. Animals and fungi are each other’s closest relatives: congruent evidence from multiple proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 90(24): 11558–11562. https://doi.org/10.1073/pnas.90.24.11558

Baurain D., Brinkmann H. and Philippe H. 2007. Lack of resolution in the animal phylogeny: closely spaced cladogeneses or undetected systematic errors? Molecular Biology and Evolution, 24(1): 6–9. https://doi.org/10.1093/molbev/msl137

Brown M.W., Spiegel F.W. and Silberman J.D. 2009. Phylogeny of the “forgotten” cellular slime mold, Fonticula alba, reveals a key evolutionary branch within Opisthokonta. Molecular Biology and Evolution, 26(12): 2699–2709. https://doi.org/10.1093/molbev/msp185

Bourlat S.J., Nielsen C., Lockyer A.E., Littlewood D.T. and Telford M.J. 2003. Xenoturbella is a deuterostome that eats mollusks. Nature, 424(6951): 925–928. https://doi.org/10.1038/nature01851

Buckley M., Walker A., Ho S.Y., Yang Y., Smith C., Ashton P., Oates J.T., Cappellini E., Koon H., Penkman K., Elsworth B., Ashford D., Solazzo C., Andrews P., Strahler J., Shapiro B., Ostrom P., Gandhi H., Miller W., Raney B., Zylber M.I., Gilbert M.T., Prigodich R.V., Ryan M., Rijsdijk K.F., Janoo A. and Collins M.J. 2008. Comment on “Protein sequences from mastodon and Tyrannosaurus rex revealed by mass spectrometry”. Science, 319(5859): 33 c. https://doi.org/10.1126/science.1147046

Burki F., Shalchian-Tabrizi K., Minge M., Skjaeveland A., Nikolaev S.I., Jakobsen K.S. and Pawlowski J. 2007. Phylogenomics reshuffles the eukaryotic supergroups. PLoS ONE, 2(8): e790. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0000790

Burki F., Inagaki Y., Bråte J., Archibald J.M., Keeling P.J., Cavalier-Smith T., Sakaguchi M., Hashimoto T., Horak A., Kumar S., Klaveness D., Jakobsen K.S., Pawlowski J. and Shalchian-Tabrizi K. 2009. Large-scale phylogenomic analyses reveal that two enigmatic protist lineages, Telonemia and Centroheliozoa, are related to photosynthetic chromalveolates. Genome Biology and Evolution, 1: 231–238. https://doi.org/10.1093/gbe/evp022

Canning E.U., Curry A., Hill S.L. and Okamura B. 2007. Ultrastructure of Buddenbrockia allmani n. sp. (Myxozoa, Malacosporea), a parasite of Lophopus crystallinus (Bryozoa, Phylactolaemata). The Journal of Eukaryotic Microbiology, 54(3): 247–262. https://doi.org/10.1111/j.1550-7408.2007.00261.x

Carr M., Leadbeater B.S. and Baldauf S.L. 2010. Conserved meiotic genes point to sex in the choanoflagellates. The Journal of Eukaryotic Microbiology, 57(1): 56–62. https://doi.org/10.1111/j.1550-7408.2009.00450.x

Cavalier-Smith T. 1999. Principles of protein and lipid targeting in secondary symbiogenesis: euglenoid, dinoflagellate, and sporozoan plastid origins and the eukaryote family tree. The Journal of Eukaryotic Microbiology, 46(4): 347–366. https://doi.org/10.1111/j.1550-7408.1999.tb04614.x

Cavalier-Smith T., Chao E.E., Stechmann A., Oates B. and Nikolaev S. 2008. Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): ultrastructural affinity with Micronuclearia podoventralis and deep divergences within Planomonas gen. nov. Protist, 159(4): 535–562. https://doi.org/10.1016/j.protis.2008.06.002

Conway Morris S., Cohen B.L., Gawthrop A.B., Cavalier-Smith T. and Winnepenninckx B. 1996. Lophophorate phylogeny. Science, 272(5259): 282–283. https://doi.org/10.1126/science.272.5259.282

Dayel M.J., Alegado R.A., Fairclough S.R., Levin T.C., Nichols S.A., McDonald K. and King N. 2011. Cell differentiation and morphogenesis in the colony-forming choanoflagellate Salpingoeca rosetta. Developmental Biology, 357(1): 73–82. https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2011.06.003

Degtjareva G.V., Samigullin T.H., Sokoloff D.D. and Valiejo-Roman C.M. 2004. Gene sampling versus taxon sampling: Is Amborella (Amborellaceae) a sister group to all other extant angiosperms? Ботанический журнал, 89(6): 896–907.

Dunn C.W., Hejnol A., Matus D.Q., Pang K., Browne W.E., Smith S.A., Seaver E., Rouse G.W., Obst M., Edgecombe G.D., Sørensen M.V., Haddock S.H., Schmidt-Rhaesa A., Okusu A., Kristensen R.M., Wheeler W.C., Martindale M.Q. and Giribet G. 2008. Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life. Nature, 452(7188): 745–749. https://doi.org/10.1038/nature06614

Eernisse D.J., Albert J.S. and Anderson F.E. 1992. Annelida and Arthropoda are not sister taxa: a phylogenetic analysis of spiralian metazoan morphology. Systematic Biology, 41(3): 305–330. https://doi.org/10.1093/sysbio/41.3.305

Evans N.M., Holder M.T., Barbeitos M.S., Okamura B. and Cartwright P. 2010. The phylogenetic position of Myxozoa: exploring conflicting signals in phylogenomic and ribosomal data sets. Molecular Biology and Evolution, 27(12): 2733–2746. https://doi.org/10.1093/molbev/msq159

Felsenstein J. 1978. Cases in which parsimony or compatibility methods will be positively misleading. Systematic Zoology, 27(4): 401–410. https://doi.org/10.2307/2412923

Felsenstein J. 1985. Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. Evolution, 39(4): 783–791. https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1985.tb00420.x

Gajadhar A.A., Marquardt W.C., Hall R., Gunderson J., Ariztia-Carmona E.V. and Sogin M.L. 1991. Ribosomal RNA sequences of Sarcocystis muris, Theileria annulata and Crypthecodinium cohnii reveal evolutionary relationships among apicomplexans, dinoflagellates, and ciliates. Molecular and Biochemical Parasitology, 45(1): 147–154. https://doi.org/10.1016/0166-6851(91)90036-6

Giribet G., Distel D., Polz M., Sterrer W. and Wheeler W.C. 2000. Triploblasic relationships with emphasis on the acoelomates and the position of Gnathostomulida, Cycliophora, Plathelminthes, and Chaetognatha: A combined approach of 18S rDNA sequences and morphology. Systematic Biology, 49(3): 539–562. https://doi.org/10.1080/10635159950127385

Hampl V., Hug L., Leigh J.W., Dacks J.B., Lang B.F., Simpson A.G. and Roger A.J. 2009. Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 106(10): 3859–3864. https://doi.org/10.1073/pnas.0807880106

Hejnol A., Obst M., Stamatakis A., Ott M., Rouse G.W., Edgecombe G.D., Martinez P., Baguñà J., Bailly X., Jondelius U., Wiens M., Müller W.E., Seaver E., Wheeler W.C., Martindale M.Q., Giribet G. and Dunn C.W. 2009. Assessing the root of bilaterian animals with scalable phylogenomic methods. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 276(1677): 4261–4270. https://doi.org/10.1098/rspb.2009.0896

Jones M.D., Forn I., Gadelha C., Egan M.J., Bass D., Massana R. and Richards T.A. 2011. Discovery of novel intermediate forms redefines the fungal tree of life. Nature, 474(7350): 200–203. https://doi.org/10.1038/nature09984

Katz L.A., Grant J., Parfrey L.W., Gant A., O’Kelly C.J., Anderson O.R., Molestina R.E. and Nerad T. 2011. Subulatomonas tetraspora nov. gen. nov. sp. is a member of a previously unrecognized major clade of eukaryotes. Protist, 162(5): 762–773. https://doi.org/10.1016/j.protis.2011.05.002

Keeling P.J. 2003. Congruent evidence from alpha-tubulin and beta-tubulin gene phylogenies for a zygomycete origin of microsporidia. Fungal Genetics and Biology, 38(3): 298–309. https://doi.org/10.1016/S1087-1845(02)00537-6

Kerk D., Gee A., Standish M., Wainwright P.O., Drum A.S., Elston R.A. and Sogin M.L. 1995. The rosette agent of chinook salmon (Oncorhyhnchus tshawytscha) is closely related to choanoflagellates, as determined by the phylogenetic analyses of its small ribosomal subunit RNA. Marine Biology, 122(2): 187–192. https://doi.org/10.1007/BF00348931

King N., Hittinger C.T. and Carroll S.B. 2003. Evolution of key cell signaling and adhesion protein families predates animal origins. Science, 301(5631): 361–363. https://doi.org/10.1126/science.1083853

Lara E., Moreira D. and López-García P. 2010. The environmental clade LKM11 and Rozella form the deepest branching clade of fungi. Protist, 161(1): 116–121. https://doi.org/10.1016/j.protis.2009.06.005

Leadbeater B.S.C. 1983. Life-history and ultrastructure of a new marine species of Proterospongia (Choanoflagellida). Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom, 63(1): 135–160. https://doi.org/10.1017/S0025315400049857

Lecroq B., Gooday A., Cedhagen T., Sabbatini A. and Pawlowski J. 2009. Molecular analyses reveal high levels of eukaryotic richness associated with enigmatic deep-sea protists (Komokiacea). Marine Biodiversity, 39(1): 45–55. https://doi.org/10.1007/s12526-009-0006-7

Liu Y.J., Hodson M.C. and Hall B.D. 2006. Loss of the flagellum happened only once in the fungal lineage: phylogenetic structure of kingdom Fungi inferred from RNA polymerase II subunit genes. BMC Evolutionary Biology, 6: 74. https://doi.org/10.1186/1471-2148-6-74

Liu Y., Steenkamp E.T., Brinkmann H., Forget L., Philippe H. and Lang B.F. 2009. Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support. BMC Evolutionary Biology, 9: 272. https://doi.org/10.1186/1471-2148-9-272

Maldonado M. 2004. Choanoflagellates, choanocytes, and animal multicellularity. Invertebrate Biology, 123(1): 1–22. https://doi.org/10.1111/j.1744-7410.2004.tb00138.x

Medina M., Collins A.G., Taylor J.W., Valentine J.W., Lipps J.H., Amaral-Zettler L. and Sogin M.L. 2003. Phylogeny of Opisthokonta and the evolution of multicellularity and complexity in Fungi and Metazoa. International Journal of Astrobiology, 2(3): 203–211. https://doi.org/10.1017/S1473550403001551

Mendoza L., Taylor J.W. and Ajello L. 2002. The class Mesomycetozoea: a heterogeneous group of microorganisms at the animal-fungal boundary. Annual Review of Microbiology, 56: 315–344. https://doi.org/10.1146/annurev.micro.56.012302.160950

Meyer A., Todt Ch., Mikkelsen N.T. and Lieb B. 2010. Fast evolving 18S rRNA sequences from Solenogastres (Mollusca) resist standard PCR amplification and give new insights into mollusk substitution rate heterogeneity. BMC Evolutionary Biology, 10: 70. https://doi.org/10.1186/1471-2148-10-70

Mikhailov K.V., Konstantinova A.V., Nikitin M.A., Troshin P.V., Rusin L.Y., Lyubetsky V.A., Panchin Y.V., Mylnikov A.P., Moroz L.L., Kumar S. and Aleoshin V.V. 2009. The origin of Metazoa: a transition from temporal to spatial cell differentiation. Bioessays, 31(7): 758–768. https://doi.org/10.1002/bies.200800214

Okusu A. and Giribet G. 2003. New 18S rRNA sequences from neomenioid aplacophorans and the possible origin of persistent exogenous contamination. Journal of Molluscan Studies, 69(4): 385–387. https://doi.org/10.1093/mollus/69.4.385

Patterson D.J. 1999. The diversity of eukaryotes. The American Naturalist, 154: S96–S124. https://doi.org/10.1086/303287

Pawlowski J., Bolivar I., Fahrni J.F., Cavalier-Smith T. and Gouy M. 1996. Early origin of foraminifera suggested by SSU rRNA gene sequences. Molecular Biology and Evolution, 13(3): 445–450. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a025605

Philippe H. 2000. Opinion: Long branch attraction and protist phylogeny. Protist, 151(4): 307–316. https://doi.org/10.1078/S1434-4610(04)70029-2

Philippe H., Lartillot N. and Brinkmann H. 2005. Multigene analyses of bilaterian animals corroborate the monophyly of Ecdysozoa, Lophotrochozoa, and Protostomia. Molecular Biology and Evolution, 22(5): 1246–1253. https://doi.org/10.1093/molbev/msi111

Pick K.S., Philippe H., Schreiber F., Erpenbeck D., Jackson D.J., Wrede P., Wiens M., Alié A., Morgenstern B., Manuel M. and Wörheide G. 2010. Improved phylogenomic taxon sampling noticeably affects nonbilaterian relationships. Molecular Biology and Evolution, 27(9): 1983–1987. https://doi.org/10.1093/molbev/msq089

Ragan M.A., Goggin C.L., Cawthorn R.J., Cerenius L., Jamieson A.V., Plourde S.M., Rand T.G., Söderhäll K. and Gutell R.R. 1996. A novel clade of protistan parasites near the animal-fungal divergence. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 93(21): 11907–11912. https://doi.org/10.1073/pnas.93.21.11907

Rodriguez-Ezpeleta N., Brinkmann H., Burger G., Roger A.J., Gray M.W., Philippe H. and Lang B.F. 2007. Toward resolving the eukaryotic tree: the phylogenetic positions of jakobids and cercozoans. Current Biology, 17(16): 1420–1425. https://doi.org/10.1016/j.cub.2007.07.036

Rogozin I.B., Wolf Y.I., Carmel L. and Koonin E.V. 2007a. Ecdysozoan clade rejected by genome-wide analysis of rare amino acid replacements. Molecular Biology and Evolution, 24(4): 1080–1090. https://doi.org/10.1093/molbev/msm029

Rogozin I.B., Wolf Y.I., Carmel L. and Koonin E.V. 2007b. Analysis of rare amino acid replacements supports the Coelomata clade. Molecular Biology and Evolution, 24(12): 2594–2597. https://doi.org/10.1093/molbev/msm218

Scheckenbach F., Wylezich C., Mylnikov A.P., Weitere M. and Arndt H. 2006. Molecular comparisons of freshwater and marine isolates of the same morphospecies of heterotrophic flagellates. Applied and Environmental Microbiology, 72(10): 6638–6643. https://doi.org/10.1128/AEM.02547-05

Schierwater B., Eitel M., Jakob W., Osigus H.-J., Hadrys H., Dellaporta S.L., Kolokotronis S.-O. and DeSalle R. 2009. Concatenated analysis sheds light on early metazoan evolution and fuels a modern “urmetazoon” hypothesis. PLoS Biology, 7(1): e20. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000020

Sebé-Pedrós A., de Mendoza A., Lang B.F., Degnan B.M. and Ruiz-Trillo I. 2011. Unexpected repertoire of metazoan transcription factors in the unicellular holozoan Capsaspora owczarzaki. Molecular Biology and Evolution, 28(3): 1241–1254. https://doi.org/10.1093/molbev/msq309

Shalchian-Tabrizi K., Minge M.A., Espelund M., Orr R., Ruden T., Jakobsen K.S. and Cavalier-Smith T. 2008. Multigene phylogeny of choanozoa and the origin of animals. PLoS ONE, 3: 2098. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0002098

Srivastava M., Begovic E., Chapman J., Putnam N.H., Hellsten U., Kawashima T., Kuo A., Mitros T., Salamov A., Carpenter M.L., Signorovitch A.Y., Moreno M.A., Kamm K., Grimwood J., Schmutz J., Shapiro H., Grigoriev I.V., Buss L.W., Schierwater B., Dellaporta S.L. and Rokhsar D.S. 2008. The Trichoplax genome and the nature of placozoans. Nature, 454(7207): 955–960. https://doi.org/10.1038/nature07191

Stechmann A. аnd Cavalier-Smith T. 2002. Rooting the eukaryote tree by using a derived gene fusion. Science, 297(5578): 89–91. https://doi.org/10.1126/science.1071196

Steenkamp E.T., Wright J. аnd Baldauf S.L. 2006. The protistan origins of animals and fungi. Molecular Biology and Evolution, 23(1): 93–106. https://doi.org/10.1093/molbev/msj011

Torruella G., Derelle R., Paps J., Lang B.F., Roger A.J., Shalchian-Tabrizi K. and Ruiz-Trillo I. 2012. Phylogenetic relationships within the Opisthokonta based on phylogenomic analyses of conserved single copy protein domains. Molecular Biology and Evolution, 29(2): 531–544. https://doi.org/10.1093/molbev/msr185

Van Valen L.M. and Maiorana V.C. 1991. HeLa, a new microbial species. Evolutionary Theory, 10: 71–74.

Vossbrinck C.R., Maddox J.V., Friedman S., Debrunner-Vossbrinck B.A. and Woese C.R. 1987. Ribosomal RNA sequence suggests microsporidia are extremely ancient eukaryotes. Nature, 326(6111): 411–414. https://doi.org/10.1038/326411a0

Wägele J.W., Erikson T., Lockhart P. and Misof B. 1999. The Ecdysozoa: Artifact or monophylum? Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research, 37(4): 211–223. https://doi.org/10.1111/j.1439-0469.1999.tb00985.x

Wolters J. 1991. The troublesome parasites – molecular and morphological evidence that Apicomplexa belong to the dinoflagellate-ciliate clade. Biosystems, 25(1–2): 75-83. https://doi.org/10.1016/0303-2647(91)90014-C

Wray C.G., Langer M.R., DeSalle R., Lee J.J. and Lipps J.H. 1995. Origin of the Foraminifera. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 92(7): 141–145. https://doi.org/10.1073/pnas.92.1.141

Yoon H.S., Hackett J.D., Pinto G. and Bhattacharya D. 2002. The single, ancient origin of chromist plastids. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 99(24): 15507–15512. https://doi.org/10.1073/pnas.242379899